หลังจากทรงสร้างวัดถวายคณะสงฆ์ลังกาวงศ์แล้วทรงสนพระทัยในการพระศาสนาเป็นอย่างยิ่ง ทรงโปรดให้ความอุปถัมภ์แก่พระสงฆ์ไทย และพระสงฆ์ลังกาด้วยปัจจัยสี่และหมั่นมาฟังธรรมเทศนาจากพระสงฆ์เสมอ การใดที่ทำให้พุทธศาสนาเจริญแล้ว จะทรงกระทำการนั้นทันที

นอกจากจะสนพระทัยพระพุทธศาสนาเป็นการส่วนพระองค์แล้ว ยังทรงแนะนำชักชวนพระบรมวงศานานุวงศ์และประชาชนให้สนใจศึกษาพระพุทธศาสนา โดยพากันมาวัดในวันพระเพื่อให้ทาน รักษาศีล ฟังธรรม เทศนาจากพระสงฆ์และเจริญภาวนาหาความสงบใจอีกด้วย

วัดที่พระองค์ พระบรมวงศานุวงศ์และประชาชนศรัทธาเลื่อมใส สนใจไปให้ทาน รักษาศีลฟังธรรมเทศนา และเจริญภาวนามากที่สุดในสมัยนั้น คือ วัดเวฬุกัฏฐาราม(วัดไผ่ 11 กอ) ที่เป็นเช่นนี้ก็เพราะพระลังกาที่มาจำพรรษาอยู่มีความรู้ในธรรมวินัยดี มีความสามารถในการแสดงธรรมมาก มีความประพฤติเรียบร้อย และเคร่งครัดในระเบียบวินัยมากกว่าพระอื่นๆ ความดีงามของพระลังกาในครั้งนั้นเป้นเหตุให้กุลบุตรสมัครเข้ามาบรรพชาอุปสมบทเป็นภิกษุสามเณรมากมาย ยิ่งนับวันเกียรติคุณของพระลังกาวงศ์ขจรขจายไปทั่วทิศ เป็นเหตุให้พระพุทธศาสนาแบบลังกาวงศ์เจริญรุ่งเรืองอย่างรวดเร็ว และตั้งหลักได้มั่นคงในลานนาไทยเป็นครั้งแรกในสมัยของพระองค์

หลังจากพระเจ้ามังรายมการาชทรงสวรรคต เพราะถูกฟ้าผ่า ที่สี่แยกเมืองเชียงใหม่ เมือพระชนมายุได้ 80 พรรษา (พ.ศ. 1860) แล้ว กิจการพระศาสนาก็เริ่มเสื่อมลงทันที เพราะพระมหากษัตริย์ซึ่งเป็นรัชทายาทครองเมืองเชียงใหม่สมัยต่อมา เช่น พระเจ้าชัยสงคราม (พ.ศ. 1860-1861) พระเจ้าแสนกู่ (พ.ศ.1865-1871) พระเจ้าคำฟู (พ.ศ.1871-1877) ไปประทับอยู่เมืองเชียงราย และเชียงแสนเสียหมดคงตั้งพระโอรสที่เป็นรัชทายาทครองเมืองเชียงใหม่ในฐานะมหาอุปราชเท่านั้นประการหนึ่ง และเพราะมัวแต่รบพุ่งพุ่งชิงชัยแย่งราชบัลลังก์ระหว่างเจ้าพี่ เจ้าน้อง เจ้าลุง เจ้าอา อีกประการหนึ่ง

ครั้นถึงสมัยนั้น พระเจ้าผายู (ประสูติที่เชียงใหม่ เป็นมหาอุปราชแล้วประทับอยู่เชียงใหม่ตลอดเวลา) เป็นกษัตริย์ครองเมืองเชียงใหม่ เมื่อ พ.ศ. 1877 การพระศาสนาจึงค่อยกลับเจริญขึ้นอีกครั้งหนึ่ง เพราะพระมหากษัตริย์พระองค์นี้ทรงตั้งอยู่ในทศพิธราชธรรมสัมมาปฏิบัติ ยึดหลักพุทธศาสนาเป็นเครื่องมือในการปกครองประเทศ งานศาสนาชิ้นแรกที่ทรงทำคือ โปรดให้ราชบัณฑิตไปอาราธนาพระมหาอภัยจุฬาเถระ กับพระสงฆ์ 10 รูปจากเมืองหริภุญชัย (ลำพูน) มาเป็นสังฆราชครองวัดลีเชียงพระ (วัดพระสิงห์) ซึ่งทรงสร้างขึ้น การที่พระเจ้าผายูต้องแต่งตั้งพระมหาเถระในจังหวัดลำพูนเป็นพระสงฆ์ในลานนาไทยไม่ได้แต่งตั้งพระมหาเถระในเชียงใหม่นัน แสดงว่าพุทธศาสนาและคณะสงฆ์ในเชียงใหม่ซึ่งเคยเจริญรุ่งเรืองอย่างมากทั้งสยามวงศ์และลังกาวงศ์ เมื่อ 40 ปีก่อนโน้น เสื่อมลงอย่างน่าใจหาย พระเจ้าผายูทำนุบำรุงประเทศชาติและพระพุทธศาสนาได้ประมาณ 33 ปี ก็สวรรคตในปี พ.ศ. 1910

หลังจากพระเจ้าผายูสวรรคตแล้ว เสนามาตย์ทั้งหลายได้ไปอันเชิญ เจ้าท้าวกือนา จากเมืองเชียงแสน (ที่ต้องไปอยู่เมืองเชียงแสน เพราะพระราชบิดาให้ไปครองเมืองตามธรรมเนียมรัชทายาท) มาราชาภิเษกเป็นกษัตริย์องค์ที่ 9 (ของราชวงศ์มังราย) ครองเมืองเชียงใหม่ต่อไปตามประเพณีในปี พ.ศ. 1910 (เสวยราชย์เมื่อพระชนม์มายุได้ 40 พรรษา) เนื่องจากพระเจ้านากือนาทรงใฝ่พระทัยในการศึกษาวิชาการต่างๆ ทั้งทางโลกและทางธรรมตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์ประการหนึ่ง ทรงฝึกหัดวิชาการรบต่างๆ ไว้อย่างชำชิชำนาญประการหนึ่ง ทรงเชี่ยวชาญในการปกครองบ้านเมืองสมัยครองเมืองเชียงแสนประการหนึ่ง ทรงมีน้ำพระทัยตั้งอยู่ในทศพิธราชธรรมเหมือนพระราชบิดาประการหนึ่ง ทรงสนพระทัยในเรื่องพระพุทธศาสนา ตามพระราชบิดาเป็นอย่างมากประการหนึ่ง และทรงมีพระชนม์มายุในขั้นเป็นผู้ใหญ่เต็มตัวที่ประการหนึ่ง เมื่อเสวยราชย์แล้วจึงทำนุบำรุงบ้านเมืองและพุทธศาสนาให้เจริญรุ่งเรืองได้อย่างรวดเร็ว

ระยะเวลา 21 ปี (1910-1931) ที่พระเจ้ากือนาธรรมิกราช ครองราชสมบัติ ได้ทรงจัดการปกครองบ้านเมืองอย่างดีเยี่ยมข้าราชการผู้ใหญ่และประชาชนเคารพรักและนับถือพระองค์มาก เจ้าเมืองอื่นไม่กล้ายกกองทัพมารุกรานเพราะรู้ดีว่าพระองค์เป็นนักรบที่เก่งกล้า เมื่อบ้านเมืองปรกติสุขความยุ่งยากไม่มีเช่นนี้ พระองค์ก็ใช้เวลาส่วนมากทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาอย่างแท้จริง จนปรากฏว่าพระพุทธศาสนาในวานนาไทยเจริญรุ่งเรืองที่สุดในยุคของพระองค์

งานศาสนาชิ้นแรกที่ทรงทำเมื่อเสวยราชย์ คือ ส่งราชบัรฑิตไปอาราธนาพระมหาสวามีอุทุมพรบุบผา พระมหาเถระชาวรามัญ เชื้อสายลังกาวงศ์ ผู้แตกฉานพระธรรมวินัยที่เมืองเมาะตะมะ (ที่ทรงเจาะจงเลือกพระชาวลังกาวงศ์คงจะเป้นเพราะทรงทราบประวัติความดีงามของพระลัง ที่พระเจ้ามังรายนำมาประดิษฐานพุทธศาสนาในลานนาไทย ระหว่าง พ.ศ. 1839-1860 เป็นแน่) แต่พระมหาสวามีเจ้าไม่ยอมคงมอบศิษย์ 10 รูป มี พระอานนท์ (พระอานนทเถระ) เป็นประธานมาแทน เมื่อพระรามัญเชื้อสายลังกาวงศ์มาถึงแล้วได้ทรงอาราธนาพักที่ วัดโลก (ปัจจุบันเป็นที่ทำการสัตวแพทย์เชียงใหม่) แล้วขอให้ทำพินัยกรรมสมมติสีมาและอุปสมบทกุลบุตร พระรามัญทั้ง 10 รูปไม่อาจปฏิบัติ เพราะการบรรพ๙าอุปสมบทกุลบุตรในประเทศไทยแบบลังกาวงศ์นั้นพระมหาสวามีอุทุมพรบุปผา มอบอำนาจให้พระมหาสุมูนเถระและพระอโนมทัสสีเถระ เป็นผู้กระทำเพียงสองรูปเท่านั้น (พระเถระสุโขทัยสองรูปนี้ ไปเรียนพระไตรปิฎกที่อยุธยาก่อนแล้วกลับไปเรียนต่อที่เมาะตะมะกับมหาสวามีอุทุมพรบุปผาเป็นเวลา 4 ปี จากนั้น ได้กลับมาที่สุโขทัย นำพระที่ฉลาดอีก 10 รูปกลับไปสวดญัติเป็นภิกษุแบบลังกาวงศ์แล้วพระมหาสวามีอุทุมพรบุปผา ได้มอบอำนาจให้พระมาเถระทั้งสองเป้นหัวหน้านำลัทธิลังกาวงศ์มาเผยแผ่ในเมืองไทย)

เมื่อ พระเจ้ากือนาธรรมิกราช ทรงทราบเช่นนั้นแล้วได้ตั้งให้ หมื่นเงินกอง 1 ปะขาวยอด 1 ปะขาวสาย 1 รวม 3 นาย เชิญราชสาส์นและเครื่องบรรณาการการไปถวาย พระมหาธรรมราชาไท กษัตริย์องค์ที่ 5 แห่งราชวงศ์สุโขทัย (ครองราชย์ ระหว่าง พ.ศ. 1890-1919) เพื่ออาราธนาพระมหาสุมนเถระ วัดอัมพวัน (ภายหลังเรียกว่าวัดป่าแก้ว) ไปสืบศาสนาในนครพิงค์ เชียงใหม่ พระมหาธรรมราชาลิไท ทราบแล้วได้ทรงอนุญาตให้พระมาสุมนเถระ ไปสืบสาสนาที่พระนครพิงค์เชียงใหม่ด้วยความยินดี ขณะที่พระมหาสุมนเถระเดินทางจากสุโขทัยมาเชียงใหม่นั้น พระเจ้ากือนาธรรมิกราชได้เสด็จไปคอยรับที่ วัดพระยืน จังหวัดลำพูน ได้ขอให้พระมหาสุมนเถระอุปสมบทกุลบุตรเป็นภิกษุที่นั่นก่อน แล้วจึงอาราธนามาพักที่ วัดบุปผาราม (วัดสวนดอก) เชียงใหม่ เนื่องจากพระมหาสุมนเถระแตกฉานพระไตรปิฏก เคร่งครัดในพระธรรมวินัย มีศีลวัตรน่าเลื่อมใสยิ่งกว่าภิกษุอื่น พระองค์จึงแต่งตั้งให้เป็น มหาสามีบุพรัตนะ เป้นพระประธานสงฆ์ลังกาวงศ์ในลานนาไทยต่อไป ลัทธิลังกาวงศ์ซึ่งเคยเจริญรุ่งเรืองมาครั้งหนึ่งสมัยพระเจ้ามังรายมหาราช และได้เสื่อมทรามไปเกือบ 70 ปีนั้น ได้กลับเจริญรุ่งเรืองขึ้นอีกในสมัยพระเจ้ากือนาธรรมิกราช

หลังจากทรงจัดการนำพระมหาสุมนเถระชาวสุโขทัย เชื้อสายลังกาวงศ์มาเป็นหลักศาสนาในลานนาไทยแล้ว พระองค์ได้หันไปบูรณะถาวรวัตถุทางพระพุทธศาสนา ซึ่งบรรพบุรุษได้ทรงสร้างไว้โดยทั่วถึง อันใดควรซ่อมก็ซ่อมแซมให้ดีขึ้น อันใดความสร้างใหม่ก็ทรงสร้างด้วยช่างฝีมือชั้นเยี่ยม ถาวรวัตถุที่ทรงบูรณะสร้างไว้ การบูรณะวัดเวฬุกัฎฐาราม ซึ่งพระเจ้ามังรายทรงสร้างไว้ การบูรณะ วัดเวฬุกัฎฐาราม (วัดไผ่ 11 กอ) ทรงสร้างด้วยความระมัดระวังเป็นอย่างยิ่ง การพอกปูนซ่อมแซมใหม่ทับของเก่า (ถ้าท่านไปดูรอยแตกของพระเจดีย์วัดอุโมงค์สวนพุทธธรรมในขณะนี้ จะเห็นชัดเจนว่าเปลือกเจดีย์มี 2 ชั้น)ได้ทรงรักษาทรวดทรงเดิมไว้ทั้งหมด ส่วนรูปภาพสีน้ำที่เขียนไว้ในอุโมงค์เจดีย์ที่พระเจ้ากือนาทรงสร้างใหม่เหลือเกิน

เมื่อทรงบูรณะเจดีย์ใหม่เสร็จแล้ว พระองค์ได้ทรงสร้างอุโมงค์ขนาดใหญ่ ถัดจากฐานพระเจดีย์ด้านเหนือขึ้นหนึ่งอุโมงค์ อุโมงค์ที่ทรงสร้างขึ้นใหม่นี้ทั้งใหญ่และสวยงามมากมีทางเข้าออก 4 ช่อง แต่ละช่องเดินติดต่อกันได้ทั่วถึงข้างฝาผนังด้านในอุโมงค์เจาะช่องสำหรับจุดประทีปให้เกิดความสว่างเป็นระยะ สะดวกแก่พระเดินจงกรม และภาวนาอยู่ข้างใน เพดานอุโมงค์เขียนภาพต่างๆ ด้วยสีน้ำมันไว้ตลอดทั้ง 2 ช่อง ฝีมือที่เขียนดูจะเป็นช่างจีนผสมช่างไทยเมื่อสร้างอุโมงค์เสร็จและทำการฉลองแล้ว ได้ทรงขนานนามว่า วัดอุโมงค์ ชื่อวัดอุโมงค์จึงปรากฏมาตั้งแต่ครั้งนั้น